Né en 1932 à Paris, François Maspero est profondément marqué par l’expérience de la Résistance au sein de sa famille. Son père, le sinologue Henri Maspero, est membre du réseau Buckmeister au musée de l’Homme. Arrêté en juin 1944, il meurt en déportation à Buchenwald en mars 1945. Son frère aîné Jean, membre des Francs-Tireurs-Partisans puis traducteur au sein de la 3e armée américaine, tombe en combattant en Moselle. Seule sa mère, Hélène Maspero-Clerc, arrêtée en même temps que son époux, survit à sa déportation à Ravensbrück.
Reçu au bac malgré quatre échecs successifs, il s’inscrit en classe préparatoire à l’École normale supérieure au lycée Henri IV. Après avoir préparé un certificat d’ethnologie au Musée de l’homme, et suivi plusieurs stages auprès de libraires et d'éditeurs, François Maspero intègre la vie active à 21 ans en travaillant à la mise en forme d’un dictionnaire technique anglais-français pour les éditions Gauthier-Villars.