Le Comité Clandestino Revolucionario Indígena (Comité clandestin révolutionnaire indigène, CCRI) assure la direction politique et collective du mouvement zapatiste. Il est constitué de cinq représentations des langues indigènes parlées dans chacun des cinq Caracoles qui leur correspondent. Les membres du CCRI sont les comandantes et comandantas, au nombre d'une vingtaine, tous ne sont pas forcément impliqués dans la vie militaire de l'organisation.
La Comandancia general est l’instance militaire supérieure, dirigée par des sous commandants dont le grade reflète la subordination au CCRI. La responsabilité des opérations militaires revient aux sous-commandants insurgés. En janvier 1994, l'EZLN en compte deux : le sous-commandant Marcos et le sous-commandant Pedro. Ce dernier est tué début 1994, Marcos est longtemps resté le seul sous-commandant de l'EZLN, jusqu'à la désignation du lieutenant-colonel Moisés en 2013. Les sous-commandants sont également les « voix » de l'EZLN, ils sont responsables de la communication du mouvement.
Les insurgentes (insurgés) sont les membres permanents de l'armée zapatiste, femmes et hommes, soumis à une discipline et une hiérarchie militaire. Les cadres militaires de l’EZLN sont choisis parmi eux.
Les milicianos (miliciens) sont des réservistes sélectionnés par les communautés zapatistes et envoyés temporairement auprès de l'EZLN. En plus de leur service, ils reçoivent aussi une éducation politico-militaire.
Les comunidades bases de apoyo (bases d’appui) sont formées par les militants présents dans les villages du Chiapas, que ces militants y soient majoritaires ou non. Non armées, elles sont chargées du soutien logistique à l'EZLN et des grandes manifestations politiques. Elles peuvent mobiliser plusieurs dizaines de milliers de militants pour ces manifestations, comme lors de la marche du silence du 21 décembre 2012.
Les effectifs de l’armée zapatiste sont estimés à environ 7 000 combattants (insurgés et miliciens), soutenus par des dizaines de milliers de sympathisants dans les bases de soutien.
L’EZLN emploie une communication moderne et détonante, par ses moyens et son style. Internet est abondamment utilisé pour la publication de textes et l’organisation de rencontres. L’iconographie zapatiste emprunte au muralisme, ce mouvement artistique popularisé depuis la révolution mexicaine. Un objet insolite est devenu une sorte de symbole, le passe-montagne. Hommes et femmes le portent dans les réunions avec l’extérieur. Le sous-commandant Marcos en parle ainsi : « Les symboles zapatistes ne sont ni les armes, ni la jungle, ni les montagnes, mais le masque, le passe-montagne. On nous reproche cet usage constant du masque. Pourquoi ces masques ? Pourquoi vous cachez vous ? Soyons sérieux. Personne ne nous regardait lorsque nous avancions à visage découvert, et maintenant on nous remarque parce que nous dissimulons nos visages ».